Heydrich fu uno dei principali architetti dell'Olocausto durante i primi anni della seconda guerra mondiale e presiedette la conferenza di Wannsee in cui si discutevano i piani per la deportazione degli ebrei nei campi di sterminio. Nel settembre del 1941 fu nominato Protettore di Boemia e Moravia, sostituendo Konstantin von Neurath che Hitler considerava non abbastanza severo. Il 27 maggio 1942 fu assassinato da un gruppo di agenti addestrati dalla Gran Bretagna del governo cecoslovacco in esilio a Londra. La squadra comprendeva Adolf Opalka (il leader), Josef Valcik, Jan Kubis e Josef Gabchik. L'auto di Heydrich, guidata da SS-Oberscharfuhrer Klein, ha dovuto rallentare per prendere una curva netta dove la squadra ceca ha aspettato. Mentre la macchina si avvicinava, Gabchik prese la mira e premette il grilletto della sua Sten, ma la pistola fallì e non sparò. Klein, credendo che Gabchik fosse solo, si fermò a sparargli contro. Kubis lanciò poi una granata anticarro alla macchina. Questo esplose e ferì gravemente Heydrich. Nonostante Himmler inviasse i suoi migliori medici, Heydrich morì a Praga.