1633. Due giovani gesuiti, Padre Rodrigues e Padre Garupe, rifiutano di credere alla notizia che il loro maestro spirituale, Padre Ferreira, partito per il Giappone con la missione di convertirne gli abitanti al cristianesimo, abbia commesso apostasia, ovvero abbia rinnegato la propria fede abbandonandola in modo definitivo. I due decidono dunque di partire per l'Estremo Oriente, pur sapendo che in Giappone i cristiani sono ferocemente perseguitati e chiunque possieda anche solo un simbolo della fede di importazione viene sottoposto alle più crudeli torture. Una volta arrivati troveranno come improbabile guida il contadino Kichijiro, un ubriacone che ha ripetutamente tradito i cristiani, pur avendo abbracciato il loro credo.

Martin Scorsese ha impiegato quasi trent'anni per portare sul grande schermo il romanzo "Silenzio" dello scrittore giapponese di religione cristiana Shusaku Endo, basato in parte sulla storia di personaggi realmente esistiti come Padre Christovao Ferreira e il gesuita italiano Giuseppe Chiara, su cui Endo ha modellato il personaggio di Padre Rodrigues.

La lentezza nel concretizzarsi del progetto è derivata non solo dalle innumerevoli difficoltà produttive e defezioni del cast (che un tempo comprendeva Daniel Day-Lewis e Benicio del Toro) ma soprattutto dal fatto che, come ha dichiarato lui stesso, il regista non era pronto a cimentarsi in modo così diretto con il tema che gli sta più a cuore: il rapporto dell'uomo con la fede. Un tema che aveva già affrontato esplicitamente in almeno due film, L'ultima tentazione di Cristo e Kundun, ma che a ben guardare sottende tutta la sua opera.