Sud America 1750, nella piccola foresta pluviale sopra le Cascate dell'Iguazú al confine tra Argentina, Brasile e Paraguay, Padre Gabriel è un missionario gesuita che dopo una faticosa scalata delle cascate in solitaria, raggiunge una tribù di Guaraní ancora allo stato selvaggio, e riesce ad avvicinarli grazie alla musica del suo oboe. Essi in passato avevano già fatto martire un gesuita che aveva tentato di convertirli alla fede di Dio, crocifisso e gettato vivo nel fiume Iguazú fino alle cascate. Nel frattempo in una piccola cittadina nella provincia di Misiones in Argentina, il cacciatore di schiavi Rodrigo Mendoza uccide per gelosia in un duello pubblico suo fratello Felipe, dopo aver scoperto la sua relazione con Carlotta, donna amata da entrambi. Travolto dal rimorso, Mendoza decide di lasciarsi morire in cella, ma padre Gabriel, venuto a sapere dell'accaduto, lo convince a trasformare il suo rifiuto della vita in una penitenza con la quale possa espiare le proprie colpe facendolo scalare le cascate come segno del purgatorio. La penitenza si traduce in un faticoso trasporto di attrezzature sopra cascate e dirupi molto scoscesi, rischiando spesso di ferirsi anche gravemente.

Ultimatolo, Rodrigo decide di mettersi al servizio dei missionari e degli indios scegliendo di prendere i voti per diventare anche lui un missionario gesuita. I missionari con il tempo hanno realizzato varie missioni tra gli indios costruendo un vero e proprio villaggio situato nel Rio Grande del Sud e offrendo protezione agli indios ed evitando loro di essere ridotti in schiavitù a lavorare nelle piantagioni, ma proprio questo esempio allarma i rappresentanti dei coloni spagnoli e portoghesi che vedono queste missioni come scomode e potenziali minacce per i loro affari economici. Dopo il Trattato di Madrid i coloni accolgono un inviato pontificio, il cardinale Luis Altamirano, che ordina ai religiosi ed ai nativi di abbandonare le loro terre in favore dei latifondisti europei, pur rimanendo impressionato dalla grande bontà delle missioni gesuite. Il cardinale è messo in guardia da Don Cabeza e Don Hontar rappresentanti dei re di Spagna e Portogallo che arrivano a minacciare perfino l'esistenza stessa dell'ordine dei Gesuiti nell'intero mondo cattolico. Uno sguardo nella città di Asunción mostra come sia pronto un esercito di spagnoli composto anche da guaranì traditori del proprio popolo.

Gli indios rifiutano l'ordine di lasciare le terre di São Miguel das Missões e decidono di combattere per difenderle, guidati dal redento padre Rodrigo divenuto amico di un bambino del villaggio; quest'ultimo riuscirà a trovare in riva alle cascate la spada che apparteneva a Rodrigo, da lui stesso gettata in acqua insieme a tutte le sue armi come segno del suo cambiamento di vita. Tutti i Gesuiti rimangono con gli indios che li hanno accolti e con i quali nel tempo si è stretto un forte legame di fratellanza; padre Gabriel rifiuta la violenza e celebra una messa nel villaggio con donne e bambini durante i combattimenti, mentre gli altri missionari come Fielding e Ralph scelgono di combattere accanto ai Guaraní con Rodrigo. Nello scontro sul fiume, Fielding sacrifica la propria vita per uccidere il capo dell'esercito nemico sulle cascate attirandovi il suo kayak e padre Ralph viene ucciso poco dopo da un colpo di mortaio. I Guaranì vengono tragicamente sconfitti.

Nella struggente scena finale della battaglia, Mendoza si adopera per far saltare il solo ponte di collegamento del villaggio, ma si distrae per aiutare un bambino e nel frattempo i nemici disinnescano la trappola. Davanti alla sua impotenza, i soldati ridono di lui (in un'occasione precedente, un identico comportamento aveva suscitato la sua reazione violenta) e immediatamente gli sparano. Ormai a terra, il suo ultimo sguardo è rivolto verso padre Gabriel in processione con in mano l'ostensorio: esala l'ultimo respiro quando anche il suo redentore, che avanzava apparentemente intoccabile in mezzo a spari ed esplosioni, viene colpito a morte. Il film si conclude con la distruzione del villaggio e la sconfitta dei coloni Guaranì rimasti, fatti diventare schiavi. Solo un gruppo di bambini della tribù riesce a salvarsi dal massacro e abbandona il villaggio ormai distrutto, deserto e ridotto in cenere. I giovani ritrovano un violino e qualche oggetto usato nella guerra, e con questi fuggono con una canoa nella foresta ( )